미·일보다 품질도 낮아 미국등 선진국 밀가루에 비해 국내에서 생산되는 밀가루가 최고 7백배까지의 세균을 보유하고 있어 위생상 심각한 문제가 되고있는 것으로 밝혀졌다. 최근 한국식품개발연구원의 이현유연구원이 학계에 보고한바에 따르면 「밀가루에서 일반세균은 미국이 1g당 20∼40마리에 불과한데 비해 국산밀가루는 1g당 최고 1만4천마리에 달한다」는 것이다. 또한 국산밀가루와 외국의 밀가루를 비교해 볼 때 국산가운데 가장 품질이 우수한 강력 1등급의 경우 회분 0.55%이하, 수분 15%이하, 단백질 11%인데 비해 일본은 회분 0.3%이하, 단백질 12%로 나타나 품질면에서도 떨어지고 있다는 것이다. 이에따라 국산밀가루를 외국에 수출할 때 문제가 되고있는 실정이라고 이연구원은 주장하고 있다. 도정율에 있어서도 외국의 경우 55∼65%인데 비해 국산밀가루는 75∼80%선으로 질보다는 양(제분수율)만을 높이고 있어 질적하락을 자초하고 있다고 지적했다. 특히 국산제품에 표백제를 사용, 첨가물 유해시비까지 제기되고 있는 실정이며 생산시설도 낙후돼 있어 문제가 되고 있다고 밝혔다.